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Título: Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas
Título(s) alternativo(s): A database of genes belonging to the type VI secretion system in species of genus Aeromonas
Autor(es): Moriel, Bárbara
Orientador(es): Bovo, Alessandro Botelho
Palavras-chave: Banco de dados
Bactérias gram-negativas
Genes
Data bases
Gram-negative bacteria
Data do documento: 22-Ago-2016
Editor: Universidade Tecnológica Federal do Paraná
Câmpus: Londrina
Referência: MORIEL, Bárbara. Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas. 2016. [26 f.]. Trabalho de Conclusão de Curso (Especialização) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Londrina, 2016.
Resumo: As espécies do gênero Aeromonas são bactérias em forma de bacilos gram-negativos e muitas são patógenos humanos. Com o advento das novas técnicas de sequenciamento, este gênero tem sido melhor pesquisado. Dados genéticos são introduzidos diariamente em uma rede de banco de dados, porém nem sempre são verificadas a veracidade e a qualidade desses dados. Assim, informações duvidosas podem ser propagadas, levando a resultados e conclusões erradas. Dadas essas dificuldades, foi criado um banco de dados para o sistema de secreção tipo VI em Aeromonas, a fim de facilitar a busca, análise e aquisição das sequências proteicas pertencentes a esse sistema que está relacionado diretamente com virulência. Para a construção do banco de dados foram obtidos os genomas das espécies de Aeromonas depositadas no NCBI. Esses genomas foram anotados pelo software RAST e as sequências comparadas com a espécie referência Aeromonas hydrophila SSU. A anotação automática realizada no RAST mostrou que das 115 espécies de Aeromonas, 72 apresentavam o sistema de secreção tipo IV. O banco de dados está disponível publicamente em http:// http://bio.seita.co.
Abstract: Species of the genus Aeromonas are gram-negative bacteria and many are human pathogens. With the advent of new sequencing techniques, this genus has been better investigated. Genetic data have been introduced into a database network on a daily basis. However, but the truth and quality of this data is not always verified. Thus, doubtful information can be propagated, leading to misleading results and conclusions. Given these difficulties, a database has been created for the type VI secretion system in Aeromonas, in order to facilitate the search, analysis and acquisition of protein sequences belonging to this system, which is closely related to virulence. In order to do that, we obtained the genomes of the Aeromonas species deposited in the NCBI. These genomes have been annotated by the RAST software and the sequences compared to the reference species Aeromonas hydrophila SSU. The automatic annotation performed by the RAST showed that of the 115 Aeromonas species, 72 had the type IV secretion system. The database is publicly available at: http://http://bio.seita.co.
URI: http://repositorio.roca.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/7620
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